La participación de los alumnos en proyectos de investigación, permite que los jóvenes desarrollen habilidades y destrezas que serán aplicables en cualquiera que sea su actividad en su vida futura. Se busca que los alumnos participantes utilicen el método científico para adquirir conocimiento, que sirva para resolver problemáticas. Motivar a los estudiantes para hacerse preguntas y proponer proyectos innovadores. Los alumnos del IMM son asesorados por sus docentes de las asignaturas de la categoría que presentan. Los estudiantes son evaluados por Investigadores que pertenecen a la Academia de Ciencias de Morelos, con la finalidad de guiar y aportar mejoras a sus proyectos.